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COG/KOG功能分类
应用场景:
based on COG/KOG 数据库进行protein功能注释, canaccurate地确定 orthologs and paralogs, 这对于新测序of物种of功能注释具have明显of优势; 此外, throughCOG/KOG 功能分类, can预测同源protein家族of功能.
Analysis Method:
using EggNOG 数据库对protein进行 COG/KOG 注释analyze. COG/KOG 数据库按照功能一共can分for二十六类, based on每种分类ofprotein数目, 绘制柱形图.
亚cell定位功能分类
应用场景:
对protein进行亚cell定位预测analyze, 获得proteinincell中of定位情况, have助于了解样本proteinoftissue来源情况. for example, 体液样本中外泌protein比例较高, 心肌样本中线粒体protein比例较高, 绿色叶片样本中叶绿体protein含量较高.
Analysis Method:
using WoLFPSORT 软件 (真核生物) /CELLO 软件 (原核生物) 对protein进行亚cell定位预测analyze. based on每种分类ofprotein数目, 绘制饼图.
Gene Ontology功能分类
应用场景:
对protein进行功能分类, can对protein所调节of功能have直观of认识, 从而了解生物功能可能发生of变化.
Analysis Method:
based on Gene Ontology of功能注释结果, 从 Biological Process, Cellular Component 及 Molecular Function 三pcs方面对 Level 2 of Term 进行统计. based on每种分类ofprotein数目, 绘制条形图.
图表展示:
注: proteinCOG/KOG 功能分类柱形图. 横轴forCOG/KOG 一级分类编号; 纵轴forprotein数目. 图例对每种一级分类编号给出了详细功能描述.
图表展示:
注: protein亚cell结构定位分布饼图.图中展示了不同亚cell结构种类中proteinof数目.
图表展示:
注: proteinGO 二级功能分类条形图. 横轴forproteinin分类中of数目, 纵轴表示GO of一级分类 (Biological process/Cellular component/Molecular function) 中of二级功能分类. 图中用不同颜色表示了 GO of一级分类.
need撰写需求文件, 提交protein序列或protein序列号, 并提前with工程师沟通联系.
结构物质: proteinis构成生物体tissue, 器官of基本成分, 起着支撑and保护of作用. for example, cell膜ofmainly成分is磷脂andprotein, stain体mainly由DNAandprotein组成, 人and动物of肌肉也mainlyis由protein构成.
催化作用: 许多protein具haveenzyme活性, be able to催化生物体内of各种化学反应. such as促进protein水解for多肽ofproteinenzyme, 催化多肽水解for氨基酸of肽enzyme, as well asgene工程中usingof限制性内切enzymeandDNA连接enzymeetc..
transport作用: have些protein具have转运物质of功能. for example, 红cell中of血红protein负责transport氧气, 参withcell主动transportof载体proteinetc..
调节作用: proteinin生物体of代谢调节, 生长发育, 免疫应答etc.方面起着importantof调节作用. such as垂体分泌of生长激素, 调节血糖含量of胰岛素and胰高血糖素, 维持水分平衡of抗利尿激素etc..
免疫作用: proteinin免疫系统中也发挥着important作用, such as由效应Bcell产生ofantibodyand由效应Tcell产生of淋巴因子, 它们能增强淋巴cellof免疫功能.
protein功能of分类mainlyincluding以下几pcs方面:
此外, protein还canaccording to其in生物体内of具体作用进行更细of分类, such as作for信号分子and信号转导器, 转运专一of分子with物质, 起运动and动力作用, 具have防卫and保护功能as well as作for养分of储库etc..
