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Small RNA (sRNA) is一类长度in20~30pcs核苷酸左右of非编码RNA分子, 几乎存in于所haveof生物体中, is一类importantof调控分子. 它们incell内of功能多种多样, 参with了gene表达调控, gene沉默, 免疫应答etc.important生物过程.
Small RNAmainlyincluding以下几类:
MicroRNA (miRNA) : is一类内源性of, 长度约for20~24pcs核苷酸of非编码单链RNA分子. 它们throughwithmRNAof3'UTR区域结合, 导致mRNAof降解或翻译抑制, 从而调控geneof表达.
Small Interfering RNA (siRNA) : is一类长度for20~25pcs核苷酸of双链RNA分子. 它们mainlythroughwith靶mRNAof互补配对, 导致mRNAof降解, 从而实现对特定geneof沉默.
Piwi-Interacting RNA (piRNA) : is一类长度约for26~31pcs核苷酸of单链RNA分子. 它们mainlywithPiwiprotein结合, 形成piRNA-Piwi复合物, through切割靶mRNA或抑制其翻译, 参with转座子of沉默andgene组ofstable性维持.
此外, 还have其他类型ofSmall RNA, such assnoRNA, rasiRNAetc.. 这些不同类型ofSmall RNAin生物体内发挥着各自独特of作用, 共同维持着生物体of正常生理功能.
Small RNA测序技术is一种高通量of测序方法, can针对样本中ofSmall RNA进行全面analyze, including已知and未知ofsRNA. throughSmall RNA测序, 不仅canidentify已知ofsRNA, 还can预测新ofsRNA, 并进一步research它们of靶geneand调控机制. 这forSmall RNAof功能researchand调控机制探索provide了have力of工具.
Experimental Procedure:
analyze流程:
典型结果呈现
Raw Data碱基识别错误of概率分布图
Mapped Readsin参考gene组上of位置及覆盖深度分布图
样品间公共及特have序列种类维恩图
样品间公共及特have序列数量维恩图
miRNA 各位点碱基分布图
TPM密度分布图
差异表达 miRNA靶gene GO注释分类统计图
差异表达 miRNA靶gene topGOhave向无环图
差异表达 miRNAgene KEGG分类图
| Sample Type | 送样量 | 预processandstore |
| 动物tissue | ≥500 mg | 1) 无enzyme冻存管, 液氮中预冷; 2) 活体上迅速取下tissue (切成黄豆粒大小of块状) ; 3) RNase-free水配制1×PBS或生理盐水rapid清洗tissue表面of污渍, 吸干表面液体后收集进冻存管 (管of下部分保持in液氮中) ; 4) 液氮速冻 (≥1h) 后, 转移至-80 ℃store, 避免反复冻融; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| 植物表面tissue, 植物根部,茎, 叶子 | ≥2 g | 1) 无enzyme冻存管, 液氮中预冷; 2) 尽量选取新鲜, 幼嫩, 生长旺盛oftissue部位, 若for体积偏大of样本 (such as果实) , 尽量切成小块; 3) RNase-free水配制1×PBS或生理盐水rapid清洗tissue表面of附着物, 吸干表面液体后收集进冻存管 (管of下部分保持in液氮中) ; 4) 液氮速冻 (≥1h) 后, 转移至-80 ℃store, 避免反复冻融; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| 植物嫩叶片, 嫩芽 | ≥500 mg | 1) 无enzyme冻存管, 液氮中预冷; 2) 尽量选取新鲜, 幼嫩, 生长旺盛oftissue部位, 若for体积偏大of样本 (such as果实) , 尽量切成小块; 3) RNase-free水配制1×PBS或生理盐水rapid清洗tissue表面of附着物, 吸干表面液体后收集进冻存管 (管of下部分保持in液氮中) ; 4) 液氮速冻 (≥1h) 后, 转移至-80 ℃store, 避免反复冻融; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| culturecell | ≥1*10^7 | 1) 取生长状态良好cell, 确定cell数量; 2) 贴壁cell: 用1×PBS缓冲液washcell 1-2 times; 悬浮cell: centrifuge, 吸除Cell Culture液, 1×PBSwash, centrifuge弃PBS, 洗1-2times; 3) 加入适量Trizol裂解液反复吹打至裂解充分; 4) 转移至无enzymecentrifuge管中, -80 ℃store; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| 血液样品 | ≥250 μL | 1) using抗凝采血管采集全血; 2) 轻轻倒转采血管混合4-5times, 使抗凝剂with血液混匀; 3) rapid转移至单独of冻存管中, 按照250μl/管分装, 加750μl Trizol LS混匀; 4) 液氮速冻 (≥1h) 后, 转移至-80 ℃store; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| fungus菌丝体 | ≥600 mg | 1) 将fungus称重 (每管200mg) , 分装多管, 请provide不少于3管of菌丝体; 2) 将称重分装后offungus置于液氮中冷冻≥1h; 3) 转移至-80 ℃store; 4) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| RNA样本 | 1.总量≥2 μg, 浓度≥50 ng/μL, 2. OD260/OD280in1.8-2.2之间, RNA无降解, 28/23S (真核/原核) and18/16S (真核/原核) 核糖体RNA条带very亮且清晰, Aglient 2100detect仪analyzeRNA完整性数据RIN≥8 | 1) total RNAcanstorein焦碳酸二乙酯DEPCprocess过of水中, 75%of乙醇, 异丙醇中, 具体以什么方式store请注明; 2) 无protein, gene组DNA污染, such ashave污染请去protein并进行DNase Iprocess; 3) 避免反复冻融, 应对total RNA小量分装; 4) 样品请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
1.for什么选择Small RNA测序?
Small RNA测序be able to全面, rapid地获取特定tissue或cellin某pcs特定时期转录出of所havesmall RNAof信息. 这些信息对于理解small RNAof功能, 调控机制as well as它们with疾病of关系具haveimportant意义.
2.Small RNA测序ofSample Preparationhave哪些note事项?
Sample PreparationisSmall RNA测序of关键步骤. in样品采集, processandstore过程中, need避免RNAof降解and污染. 此外, small RNAof提取and纯化也needusing专门ofreagentand方法, 以确保获得高质量ofsmall RNA样品.
3.Small RNA测序of数据such as何analyze?
Small RNA测序ofData Analysisincluding序列Quality Control, 序列比对, small RNA识别, 注释and功能analyzeetc.步骤. through比对已知ofsmall RNA数据库and参考gene组, canidentify已知ofsmall RNAand预测新ofsmall RNA. 进一步of功能analyzecan揭示small RNAof靶geneand调控机制.
4.Small RNA测序of结果such as何解释and应用?
Small RNA测序of结果canprovide关于small RNAof表达谱, 种类, 丰度as well as靶geneetc.信息. 这些信息can用于researchsmall RNAin生物学过程中of作用, such asgene表达调控, 信号转导, 代谢途径etc.. 此外, small RNA测序还can用于疾病诊断and预后评估, as well as药物研发and治疗策略of制定.
5.Small RNA测序of局限性is什么?
尽管Small RNA测序具have高通量, 高Sensitivityetc.优点, 但也存in一些局限性. for example, small RNAof序列短, 容易受到测序误差and噪声of影响; 同时, small RNAof功能and调控机制尚不完全清楚, need进一步ofresearchand探索.
