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项目简介:
microorganism多样性测序is对环境样品中bacteria (16S rDNA) , fungus (18S/ITS) , 功能geneetc.geneofDNA进行特定长度ofPCR扩增并对扩增产物进行测序ofanalyze, 可实现对环境样品中of优势物种, 稀have物种and一些未知物种进行detect, 精准解析microorganismin种属水平上of组成and丰度情况, is当前research环境microorganism多样性及群落组成差异ofimportant技术手段.
bacteriamicroorganism多样性
16S rDNA测序: 16S rDNA具have10pcs保守区and9pcs高变区. 保守区反映生物物种间of亲缘关系, 高变区反映物种间of差异. 对16S rDNA某pcs高变区进行测序, 用于research环境microorganism中of群落结构多样性.
16S rDNA序列及常用扩增引物序列
fungusmicroorganism多样性
18S rDNA测序: 18S rDNA也包含可变区and保守区. 对18S rDNA某pcs高变区进行测序, 用于research环境样本中真核microorganism群落结构多样性. ITS1测序: ITS分for两pcs区域: ITS1andITS2. ITS区域进化速率is18S rDNAof10倍之多. 对ITS1andITS2进行测序, 用于research环境样本中真核microorganism群落结构多样性.
ITS rDNA序列及常用扩增引物序列
技术路线
功能microorganismisin自然界中由于其功能ofimportant性而受到广泛关注of一类microorganism, such as硝化bacteria, 反硝化bacteria, 氨氧化bacteria, 硫酸盐还原菌, 固氮菌etc., 使这些功能bacteria发挥这种特定功能ofgene就称for功能gene, such asAOA, AOB, nifHetc.. 功能gene测序, isaccording to复杂环境中具have特殊功能ofmicroorganismgene序列设计引物, 用该引物进行PCR扩增, 建库后进行高通量测序. 功能gene测序可have效research特定环境中of功能microorganism物种信息, including: 功能microorganism功能差异, 分类and丰度etc., 并with每pcs采样点of环境因子相结合, can同时analyze环境因子with功能bacteria群落结构of关系, 因此对复杂环境中ofmicroorganism构成research
gene组DNA样本浓度至少大于50ng/μl, 体积不少于10μl
菌液样本:500ul菌液
identify只接收纯化后of单一菌种, 不接受具have致病性of样品
实验样品不纯造成of测序套峰, we将收取全额of实验费用
环境样品 | 送样要求 | store及transport |
普通土壤 | 除去土壤表层未分解of凋落物层, 动植物残体, 石砾etc.杂质, 将大块of样品捣碎, 过2mm筛后, 分装至2mL或更大体积ofEP管或冻存管中; 每管土壤含量大概0.25~0.5g, 需保证送样量in1~2g. | 样本-80℃或液氮中长期store, 干冰transport |
根际土壤 | 收集植物植株, 去除根部大块土壤; 摇动植株去除附着不紧密of土壤, using无菌刷子收集根部附着紧密of土壤; 随机多点取样5-10g, 过2mm筛后, 分装至2mL或更大体积ofEP管或冻存管中; 每管土壤含量大概0.25~0.5g, 需保证送样量in1~2g. | |
粪便 | 无菌牙签或粪便取样器截取样品中段内部 (避免表层中of肠道膜脱落cell) , 外部容易污染且bacteriaDNA由于接触空气可能have降解. 将已取of粪便样品分装至2mL EP管 (无菌) 或冻存管 (无菌) 中, 每管粪便量for0.5~2g, 每pcs样品分装2~3管备copies. | |
肠道内容物 | in实验对象死亡后, 无菌条件下, 取出整pcs肠道, 用无菌解剖刀切取所需肠段of, 用无菌手术刀挖取内容物分装至2mL EP管 (无菌) 或冻存管 (无菌) 中, 每管tissue量for0.5~2g, 每pcs样品分装2~3管备copies | |
水体 | 过滤大量低microorganism含量of清亮水样用0.22μm of聚苯醚砜滤膜, 每pcs样本至少1L水样. 浑浊水样using0.22μm滤膜过滤缓慢容易堵塞时, recommendusing0.45μmof混合纤维素酯滤膜, 每pcs样本0.5L-1L水样; such as果水样中不可溶解of颗粒较多, needusing2-5μm孔径of滤膜将不可溶解of颗粒杂质滤去, 再using0.22μm或0.45μmof滤膜富集菌体, 每pcs样本0.5L-1L水样. | |
空气 | 开动采样仪 (浮游bacteria采集器) , 使被测空气滤过凝胶膜 (灭菌) , 空气中of浮游菌被截留in凝胶膜上 (过滤时间越长, 收集of空气中of灰尘越多, 菌数量越多) , 收集完成后取下滤膜. |
1, 16Sis什么?
16S rDNAis指bacteriagene组中编码核糖体16S rRNA分子所对应ofDNA序列, 序列全长约1540bp, 包含10pcs保守区and9pcs高变区 (V1-V9) . 保守区序列inbacteria间差异不大而高变区则具have种属Specificity, 因此most常用作bacteria分类标准. through对环境样品ofbacteria总DNA进行提取, 扩增其中16S rDNAgene, canidentify出绝大多数bacteria类别.
2, for什么要选择做16S+代谢组学?
16S只isresearch了肠道microorganismof构成and组copiesof改变with宿主of生理as well as人类of疾病相关. 然而, 肠道microorganism对宿主of作用其中一方面贡献isthrough肠道中microorganism产生of小分子times级代谢产物, through循环系统来作用于人体of各pcs部位, 调控宿主体内of稳态, 比such as许多research发现, 肠道microorganismof代谢产物对糖尿病, 高血压, 心脏病and抑郁, 肠道of免疫etc.疾病都have影响. 16Scan得到样本当中have哪些microorganism, and预测他们of功能, 而代谢组学research代谢物of表达量, 代谢物with生理病理变化of关系, be able to帮助确定这些功能is否真of发生了, 发生of程度is什么样of. 两者of联用, canthrough代谢组结果ofdetect辅助andvalidate16Sanalyze结果; 两者of联合analyzecan得到microorganism多样性, 种类, 相对丰度with代谢物丰度of关联.
