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空间转录组介绍
Visium空间转录组测序is依靠10x Genomics Visium平台, 结合显微成像, 靶向探针捕获, 芯片and测序技术, 从切片中获取不同位置cell中转录组数据, 并将tissue学andgene表达analyze结合, throughData Processing进行gene表达and形态学数据of可视化.
技术原理
10x Genomics Visiumof核心isutilizing空间表达芯片捕获分子并标记空间位置and标签, gene表达芯片包含4pcs点阵区域 (6.5mm x 6.5mm) , 每pcs点阵含have4992pcsbarcoded spot(直径55um) , 每一pcsspothave一种空间定位条形码. gene表达芯片上oftissue切片透化后释放mRNA被spot上对应of条形码原位捕获, 进一步文库构建and测序. 测序数据中空间条形码序列将转录信息映射回tissue切片中of起始位置, 从而还原转录本intissue中额位置分布, 实现gene表达of空间可视化.
应用方向
肿瘤research
发育生物学
神经科学
疾病免疫
analyze展示
Clustering of glass slide spots based on their gene expression profile
Annotation directly on H&E image
实验方案analyze结果展示
Histology and shared gene xpression factors in three cancer tissue sections
Spatial comparison of periphery and center of tumor transcriptomes
Stromal heterogeneity and reactive stroma in the microenvironment of inflammation
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1. tissue进行冰冻包埋前is否need预process?
现场答复: 某些tissue因for构成成分较特殊(such as脂肪tissue), 预process可能将have利于后续透化效果. 但由于空间转录组技术for新技术, 实验Protocol也isin11months底刚正式发布, 因此针对不同of物种, 不同oftissue, in实际实验时need进一步摸索, optimize条件.
2. 大型动物及人体器官, tissuesuch as何选择制作切片of部位?
答复: 老师可参考18年发表inNature communications上of这篇文章“Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity”of取样方式, intissue上具have代表性of不同区域分别取样.
3. inQuestion2of基础上进一步提Q: 做发育of老师认for, tissueof每一pcs部分of情况都have意义, 该such as何取舍? 做肿瘤of老师同样也会认for, 肿瘤异质性very大, very担心所选择区域不具have代表性.
答复: recommend考虑能否先用免疫组化/HEstainof方式, 对感兴趣oftissue区域进行screen.
4. is否会存in难以透化oftissue? is否会have即使延长透化时间, 透化效果也不好of情况? 该such as何process?
答复: 空间转录组技术already做过人, 小鼠and大鼠of多种脏器样本, 目前都能实现透化并顺利建库. 新of物种或新oftissue, wecan协助老师一起来做条件optimize.
5. 对于农口做动物of老师, 他们most关注oftissue分别is肌肉and脂肪tissue, 但脂肪tissue由于含have大量甘油三酯很可能会导致难以透化, 该such as何解决?
