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真核生物stain体is由DNA分子包裹组protein形成of核小体结构并through一系列折叠过程而形成of. 大多数gene组中ofstain质都紧紧缠绕incell核内, 一部分呈松散of状态. forstain质开放区. 而DNAof复制转录isneed将DNAof紧密结构打开, 打开ofstain质允许其他调控因子结合of特性. 因此认forstain质of可及性with转录调控密切相关.
斯坦福大学ofresearch人员2013年inNature Methods首times发表.Greenleaf实验室ofBuenrostroetc.发布了一项整合of, 多维of遗传学Analysis Method, 这种方法throughTn5转座enzyme将测序ofadapters插入到gene组上of“可接近”区域来标记调控of区域. 这种转座enzyme可接近性stain质ofresearch方法(assay of transposase accessible chromatin, ATAC-seq)canmost少只utilizing大约500pcscell就canrapidof得到调控of多维信息, 比其他方法要节省大约3到5pcs数量级ofcell. 并且由于ATAC-seqofExperimental Procedure中没have片段选择of步骤, 所以这种方法can同时获得“开放”stain质of位置, 转录因子of结合位点, 核小体of调控区域andstain质状态etc.信息.
stain质可及性(ATAC)- 控制转录活性
10X平台ATAC测序Experimental Procedure:
典型analyze结果:
单cell核悬浮液
浓度:3000-5000pcscell核/ul
体积: ＞50ul
核膜完整性较好
单cell悬浮液
浓度:500-2000pcscell/ul
cell总数: ＞106
cell活性: ＞90%
1,什么is单cellATAC测序?
A: 单cellATAC测序is一种用于research单pcscell内stain质可及性of高通量测序技术. 它can揭示单pcscellofstain质开放区域, 从而了解gene表达of调控机制.
2, for什么need进行单cellATAC测序?
A: 单cellATAC测序be able to揭示不同cell类型之间as well as单pcscell内部ofstain质可及性差异, 这对于理解cell分化, 发育过程as well as疾病发生机制具haveimportant意义.
3, 单cellATAC测序with单cellRNA测序have何不同?
A: 单cellATAC测序关注stain质可及性, 即哪些DNA区域be able to被转录因子etc.protein结合并影响gene表达; 而单cellRNA测序则直接测量gene表达水平. 两者结合usingcan更全面地了解cell内ofgene调控机制.
4, 单cellATAC测序of样本要求is什么?
A: with单cellRNA测序类似, 单cellATAC测序也need高质量of单cell样本. cell应具have良好of活性, 形态and数量, 以减少实验过程中of技术偏差.
5, 单cellATAC测序ofExperimental Procedureis怎样of?
A: 单cellATAC测序ofExperimental Procedureusuallyincludingcell固定, 通透化, enzyme切, 转座, 文库构建and高通量测序etc.步骤. through这些步骤, can获取单pcscellofstain质可及性信息.
6, 单cellATAC测序数据such as何analyze?
A: 单cellATAC测序数据ofanalyze涉及多pcs步骤, includingQuality Control, 单cellof聚类, stain质可及性区域of识别, 差异可及性analyzeetc.. needusing专门of生物信息学工具and软件进行Data Processingandanalyze.
7, 单cellATAC测序in哪些领域have应用?
A: 单cellATAC测序in生物学and医学领域具have广泛of应用前景, such as发育生物学, 免疫学, 肿瘤学etc.. 它can帮助research人员了解cell间of异质性as well ascellin不同生理and病理条件下ofstain质调控机制.
