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应用场景
不同类型ofprotein翻译后修饰in生物过程中have着不同of调控作用, 不同功能特性ofproteinin生物进化过程中have着不同程度of序列保守性, for example直系同源gene相关ofproteinin进化上处于高度保守状态. 发生inprotein序列进化高度保守区域上of翻译后修饰have可能预示着in生物过程中起关键of调控作用.
Analysis Method
using BLAST 方法对给定物种ofprotein序列进行同源比对analyze, through适当of过滤条件screen出直系同源protein, 然后adopting MUSCLE 软件对找到of同源protein进行多序列比对. according to多序列比对结果, 统计in本research中发生修饰of氨基酸in其同源protein中保守of比例 (such as果修饰位点氨基酸in其同源protein中for其他氨基酸或缺失, 定义for“不保守位点”; 反之for“保守位点”) . relatively特定氨基酸上发生修饰of保守比例with未发生修饰of保守比例, adopting Fisher 精确检验计算保守性 p value.
图表展示
注: 赖氨酸乙酰化修饰位点保守性analyze结果. 表格中展示了某research中发生乙酰化修饰and未发生乙酰化修饰of赖氨酸in同源protein中of保守情况. 结果表明in各relatively物种中赖氨酸发生乙酰化修饰of保守比例均高于未发生乙酰化修饰of保守比例, 且统计学检验p value 均小于 0.05.
注: 赖氨酸乙酰化修饰位点保守性analyze结果. 表格中展示了某research中发生乙酰化修饰and未发生乙酰化修饰of赖氨酸in同源protein中of保守情况. 结果表明in各relatively物种中赖氨酸发生乙酰化修饰of保守比例均高于未发生乙酰化修饰of保守比例, 且统计学检验p value 均小于 0.05.
注: 赖氨酸乙酰化修饰位点保守性analyze折线图. 横轴forrelativelyof物种, 纵轴for赖氨酸保守比例. 其中蓝色折线表示赖氨酸发生乙酰化修饰of保守比例, 红色表示未发生乙酰化修饰of保守比例. 图中can看出in各relatively物种中赖氨酸发生乙酰化修饰of保守比例均高于未发生乙酰化修饰of保守比例.
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参考文献
Altschul, S. F. . (2012). Basic local alignment search tool (blast). Journal of Molecular Biology, 215(3), 403-410.
Edgar, R. C. . (0). Muscle: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nuclc Acids Research(5), 1792-1797.
