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多组学researchis结合两种或两种以上组学, 探究生物系统中多种物质之间相互作用of方法, includinggene组学, 转录组学, protein组学, 代谢组学, microorganism组学etc.. 系统生物学research时代, 生物学现象复杂多变, gene表达调控复杂多样, 单纯用单一组学research结论往往不够全面, through多组学联合analyzecan对生物样本进行系统research, 同时整合各组学of数据并进行深入挖掘analyze, 可进一步阐述分子调控with表型间of关联机制, screen出important代谢通路或gene, protein, 代谢物进行实验analyzeandresearch, 对生物过程从gene, 转录, proteinand代谢水平进行全面of深入of阐释, 从而更好of对生物系统进行全面了解.
多组学联合analyze | ||
组学内容 | Service Content | analyze目of |
代谢组+protein组/修饰组 | 共have通路 | 描绘protein/protein修饰-基础代谢of调控过程with关系 |
代谢组+转录组 | 共have通路 | 描绘mRNA-基础代谢of调控过程with关系 |
protein组/修饰组+转录组 | 共havegene/protein | 解析mRNA-protein层面of调控过程with关系 |
protein组/修饰组+脂质组 | 相关性 | 描绘protein/protein修饰-脂质代谢of调控过程with关系 |
代谢组+16s rDNA | 相关性 | 解析microorganism群落with代谢物of相互调控关系: screen潜in关键菌and关键代谢物 |
转录组+16s rDNA | 相关性 | 描述菌群-功能geneof调控过程with关系 |
非靶+靶向 | 表达趋势 | 标志物发掘withvalidate |
代谢组+转录组+protein组 | 共have通路 | 解析mRNA-protein/protein修饰-基础代谢of调控过程with关系 |
一, 多维度调控机理research (protein组/修饰组+转录组)
protein组is生物体most终of功能执行体, 而转录组is连接gene组andprotein组of中间模块. 生物体往住throughgeneof转录调控gene表达, 同时也through翻译调控as well as翻译后of调控进一步对proteinof表达进行调节.
based onprotein组+转录组of组学数据, 先将转录, protein或修饰层面of分子信息归属到同一gene层面, 然后based on表达相关性analyze及功能富集relativelyof方法进行整合, 以analyze: 同一genein不同分子层面上of表达差异; 整体功能, 信号通路in不同分子层面上of表达异同; 不同分子层面上可能存inof相互调控关系. protein组and转录组联合analyze能充分utilizing转录组andprotein组researchof差异性and互补性, 发掘常规单pcs组学未能发现of新结果.
二, 打通机制+表型research (protein组/修饰组+代谢组, protein组/修饰组+脂质组, 代谢组+转录组)
based on代谢反应由proteinenzyme, geneetc.直接或间接调控of生物原理, utilizingKEGG代谢通路工具, as well asaccording to不同层面分子间表达量of相关性, 建立代谢物 (通路) 变化withgene/protein变化of联系, 从而实现: 系统描绘从gene/protein到代谢表达变化of调控过程; based on已知代谢通路, confirmgene/protein对特定代谢过程of调控作用, 并utilizing组学结果进行相互validate; 依据表达相关性, 挖掘gene/proteinwith代谢物直接新of调控关系.
三, 微生态调控机制research (代谢组+16s rDNA, 转录组+16s rDNA)
microorganismis自然界中分布most广, 种类most多, 数量most大of生物类群. 以肠道microorganismfor例, 人体内microorganismof总数约is人体cell总数of10倍- -越来越多ofresearch发现, 肠道microorganismwith人体健康have着密切of关系, 而microorganism产生of代谢物is这调控过程中mostmainlyof中间递质之一. microorganism组researchcan获得microorganism群落组成及丰度信息, 但is这些信息并不足以充分说明microorganismisthrough何种方式影响宿主或环境. microorganism组-代谢组of联合analyzecan用来解释差异菌群with差异代谢物of关联性, 从而帮助建立microorganism-代谢物-表型之间of逻辑关系.
analyze内容展示:
protein组with转录组of显著差异gene/proteinrelatively维恩图 共have显著差异gene/protein聚类analyze
共havegene/protein差异倍数相关性analyze 显著KEGGrelatively气泡图
联合analyzeNetwork示例图
KEGG代谢通路富集 共have显著KEGGrelatively气泡图 pvalue热图
相关性系数直方图 相关系数矩阵热图
相关性层times聚类热图 相关性网络图
要求数据完整
项目文章:
1. Han X, Li J, Zhao Y, et al. Integrated transcriptomic and proteomic characterization of a chromosome segment substitution line reveals a new regulatory network controlling the seed storage profile of soybean.Food Energy Secur. 2022;11(2). e381
2. Jiang S, Liu G, Yuan H, et al. Changes on proteomic and metabolomic profile in serum of mice induced by chronic exposure to tramadol. Sci Rep. 2021;11(1):1454
3. Cheng Q, Li T, Ai Y, et al. Complementary Transcriptomic and Proteomic Analysis Reveals a Complex Network Regulating Pollen Abortion in GMS (msc-1) Pepper (Capsicum annuum L.). Int J Mol Sci. 2019;20(7):1789
