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lncRNA测序is一种research长链非编码RNA (long noncoding RNA, lncRNA) 差异表达such as何影响生物学过程of技术. 长链非编码RNAis一类长度超过200pcs核苷酸of非编码RNA, 它们throughwithDNA, RNA或protein结合, in表观遗传, 转录及转录后etc.水平调控gene表达. lncRNA测序adoptingIllumina测序平台进行测序, can针对have参考gene组样本开展accurateoflncRNAidentifyandlncRNA靶gene预测, 同时provide针对测序数据中mRNAofanalyze.
lncRNA测序of优势in于其can同时获得mRNAandlncRNAof数据, 甚至能获取circRNAof数据, 而且using链Specificity建库方式, 使得结果更全面, 广泛应用于医学, 农学research领域. throughlncRNA测序, canrapid获得已知lncRNAand新oflncRNA及其靶标of相关信息, 从而促进lncRNAof深入research.
lncRNA测序ofExperimental Procedureincluding样品制备, 文库构建, 上机测序andData Analysisetc.步骤. Data AnalysisislncRNA测序of核心环节, including序列组装, gene注释, 功能analyzeetc.多pcs步骤. through对测序数据进行组装and注释, can获得环境样品中microorganism群体ofgene组信息, includinggene组成, 功能gene, 代谢途径etc.. 进一步of功能analyzecan揭示microorganism群体in环境中of作用and互作关系.
| Sample Type | 送样量 | 预processandstore |
| 动物tissue | ≥500 mg | 1) 无enzyme冻存管, 液氮中预冷; 2) 活体上迅速取下tissue (切成黄豆粒大小of块状) ; 3) RNase-free水配制1×PBS或生理盐水rapid清洗tissue表面of污渍, 吸干表面液体后收集进冻存管 (管of下部分保持in液氮中) ; 4) 液氮速冻 (≥1h) 后, 转移至-80 ℃store, 避免反复冻融; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| 植物表面tissue, 植物根部,茎, 叶子 | ≥2 g | 1) 无enzyme冻存管, 液氮中预冷; 2) 尽量选取新鲜, 幼嫩, 生长旺盛oftissue部位, 若for体积偏大of样本 (such as果实) , 尽量切成小块; 3) RNase-free水配制1×PBS或生理盐水rapid清洗tissue表面of附着物, 吸干表面液体后收集进冻存管 (管of下部分保持in液氮中) ; 4) 液氮速冻 (≥1h) 后, 转移至-80 ℃store, 避免反复冻融; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| 植物嫩叶片, 嫩芽 | ≥500 mg | 1) 无enzyme冻存管, 液氮中预冷; 2) 尽量选取新鲜, 幼嫩, 生长旺盛oftissue部位, 若for体积偏大of样本 (such as果实) , 尽量切成小块; 3) RNase-free水配制1×PBS或生理盐水rapid清洗tissue表面of附着物, 吸干表面液体后收集进冻存管 (管of下部分保持in液氮中) ; 4) 液氮速冻 (≥1h) 后, 转移至-80 ℃store, 避免反复冻融; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| culturecell | ≥1*10^7 | 1) 取生长状态良好cell, 确定cell数量; 2) 贴壁cell: 用1×PBS缓冲液washcell 1-2 times; 悬浮cell: centrifuge, 吸除Cell Culture液, 1×PBSwash, centrifuge弃PBS, 洗1-2times; 3) 加入适量Trizol裂解液反复吹打至裂解充分; 4) 转移至无enzymecentrifuge管中, -80 ℃store; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| 血液样品 | ≥250 μL | 1) using抗凝采血管采集全血; 2) 轻轻倒转采血管混合4-5times, 使抗凝剂with血液混匀; 3) rapid转移至单独of冻存管中, 按照250μl/管分装, 加750μl Trizol LS混匀; 4) 液氮速冻 (≥1h) 后, 转移至-80 ℃store; 5) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| fungus菌丝体 | ≥600 mg | 1) 将fungus称重 (每管200mg) , 分装多管, 请provide不少于3管of菌丝体; 2) 将称重分装后offungus置于液氮中冷冻≥1h; 3) 转移至-80 ℃store; 4) 从液氮中取出准备好of样品, 请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
| RNA样本 | 1.总量≥2 μg, 浓度≥50 ng/μL, 2. OD260/OD280in1.8-2.2之间, RNA无降解, 28/23S (真核/原核) and18/16S (真核/原核) 核糖体RNA条带very亮且清晰, Aglient 2100detect仪analyzeRNA完整性数据RIN≥8 | 1) total RNAcanstorein焦碳酸二乙酯DEPCprocess过of水中, 75%of乙醇, 异丙醇中, 具体以什么方式store请注明; 2) 无protein, gene组DNA污染, such ashave污染请去protein并进行DNase Iprocess; 3) 避免反复冻融, 应对total RNA小量分装; 4) 样品请立即放入干冰中, 并用干冰掩埋好样品. |
in进行lncRNA测序时, neednote以下几点:
1. Sample Preparation至关important, 应确保组间样本表型差异显著, 组内样本一致性要好. 样品of质量直接影响到测序数据ofAccuracyandreliable性, 因此Sample Preparation过程中neednote避免污染,RNA降解etc.Question.
2. in选择测序方法时, 应according to自己of需求进行选择. 对于模式物种and非新发现oflncRNA, 芯片is优先选择. 而对于新物种或新发现oflncRNA, 二代测序则is更好of选择.
3. invalidate阶段, 先用screenof样本进行validate, validate合格of再扩大样本validate. 优先选择表达差异显著oflncRNA进行validate, 长度recommendfor2kb左右. 此外, cell定位也have助于后续从转录组水平researchlncRNAof功能.
4. neednotelncRNA测序前ofnote事项, such asmusthave转录组, 且参考gene组组装水平及注释信息完善, 至少forscaffold水平. 同时, needhave适用of去rRNAkit, 以确保rRNA去除效果不佳不会严重影响数据质量.
