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应用场景
对感兴趣ofprotein进行功能注释, 以便于理解这些proteinof各种生物学意义. 功能注释including: Gene Ontology 功能, KEGG 通路, protein结构域, 亚cell定位, Complex ( 复合体 ), COG/KOG 注释.
1) Gene Ontologyanalyze
GO analyzeis一种be able to将genewithgene产物 (such asprotein) of各项信息have机联系in一起of生物信息学Analysis Method, including Biological Process (生物进程) , Cellular Component (cell组成) , Molecular Function (分子功能) . mainly来源于 UniProt-GOA 数据库, 并using InterProScan 预测进行补充注释.
2) KEGG通路注释
KEGG is系统analyzeproteinand化合物incell中of代谢途径as well asprotein功能of数据库. using KEGG in线服务工具 KAAS and KEGG mapper 获取 KEGG 通路注释of结果.
3) protein结构域注释
protein结构域isprotein中in序列上具have保守性, 且generally情况下can独立行使功能of特定protein区域, withprotein完成生理功能have着密切of关系, 经常被用于protein分子进化and功能学ofresearch. webased on Pfam, SMART and Interpro etc.数据库provideprotein结构域of功能注释信息.
4) 亚cell定位
protein只have转运到正确of位置才能参withcellof各种生命活动, we对真核生物and原核生物分别using wolfpsort 软件and CELLO 软件预测proteinof亚cell结构定位信息.
5) Complex(复合体)
protein复合体is由两pcs以上功能相关ofproteinthrough二硫键或其它protein相互作用所形成of复合物. protein复合体种类繁多, 很多性质and功能还未research透彻, isprotein组学ofimportantresearch对象. webased on CORUM 网站进行protein复合体of注释 (仅针对人and小鼠两pcs物种) .
6) COG/KOG注释
COG, 即 Clusters of Orthologous Groups of proteins. 构成每pcs COG ofprotein都is被假定for来自于一pcs祖先protein, 并且因此oris直系同源protein (orthologs) oris旁系同源protein (paralogs) . 原核生物ofgenerally称for COG 数据库; 真核生物ofgenerally称for KOG 数据库. based on COG/KOG 数据库进行protein功能注释, canaccurate地确定 orthologs and paralogs.
图表展示:
注: Gene Ontology 功能of注释结果表格. 前三列forprotein信息, 后面三列forproteinin GO 三大分类中of详细描述. 其中格式for“GO: 0006364”of字符代表in GO 数据库中of编号, can登录 GO 数据库网站“http://geneontology.org”查询详细描述信息.
图表展示:
注:KEGG 通路of注释结果表格. 前三列forprotein信息, 后面三列forproteininKEGG 数据库中of信息. 其中“KEGG KO No.”for KEGG 数据库编号; “KEGG Gene”表示proteinin KEGG 数据库中ofgene层面of描述; “KEGG pathway”表示protein可能参withof通路过程描述. 其中格式for“map04366”of字符代表通路in KEGG 数据库中of编号, can登录 KEGG 数据库“https://www.kegg.jp” 查询详细描述信息.
图表展示:
注:protein结构域注释结果表格. 前三列forprotein信息, 后面两列forproteininInterPro 数据库中of描述. 其中“IPR ID”for InterPro 数据库编号; “Domain description”表示protein包含of结构域inInterPro 数据库中功能描述, can登录 InterPro 数据库“http://www.ebi.ac.uk/interpro” 查询详细描述信息.
图表展示:
注: 亚cell定位of注释结果表格.前三列forprotein信息, 第四列forprotein潜inof亚cell结构定位.
图表展示:
注:Complex (复合体)注释of结果表格.前三列forprotein信息, 第四列forprotein可能参with形成of复合体.
图表展示:
注: COG/KOG 注释结果表格. 前三列forprotein信息, 后面三列forproteinin KOG 数据库中of描述. 其中“KOG category”for KOG of一级分类编号; “KOG NO.”for KOG of二级分类编号; “KOGdescription”for二级分类功能描述.
一, such as果计算结果with预期不符合怎么办?
1.科研计算服务is一pcs探索of过程, 其中存in不确定性. 服务方对理论计算得到of数据负责, 但不保证理论数据be able towith预期结果完全一致. such as果needcan对模型进行适当调整, 调整过程中若增加计算or大规模of重新计算, 需增加计算费用, 价格另行协商.
2.模拟计算存in不确定性, we对计算过程of正确性负责. 计算开始之后会消耗软件, 机时as well as人力成本, 所以不支持退款, 敬请谅解
二, 模拟计算项目服务范围?
1.计算完成之后provide所需of计算方法, 计算结果数据and图文, as well as关于计算结果中疑问ofAnswer;
2.文章回复意见中模拟计算Question进行适当ofAnswer, 若返稿后need增加计算, 需另行收费.
三, 关于模拟计算下单流程is怎么样of呢?
1.such as果is确定计算需求, can直接in测试狗官网选择相应of项目进行下单, 提交订单时需填写具体of计算内容, 预期结构, 分子结构及相关of参考文献. such as果网站上没have对应of项目请选择并in需求中写明具体计算内容.
2.such as果不能确定计算内容, can直接联系工作人员进行需求沟通
