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代谢组学analyze
标准analyze | |
差异代谢物screen (两两relatively) | 多元Statistical Analysis |
单变量Statistical Analysis | |
差异代谢物表达analyze (两两relatively) | 差异代谢物important性analyze |
聚类analyze | |
相关性analyze | |
差异代谢物丰度analyze | |
差异代谢物功能analyze (两两relatively) | KEGG通路analyze |
拓扑analyze | |
通路激活and抑制analyze | |
通路互作网络analyze | |
SMPDB通路analyze | |
多组relativelyanalyze (≥3组时provide) | 多元Statistical Analysis, 单因素方差analyze (ANOVA) |
k值聚类趋势图 | |
同两组analyze | |
pcs性化analyze | |
功能analyze | 多pcsrelatively组通路富集analyze |
SMPDB通路analyze | |
screenbiomarker | WGCNAanalyze |
机器学习and模型构建 | |
标准analyzemainly结果展示
PCA图 火山图 差异倍数 (FC) withP值of分类气泡图
平均表达值of散点图 VIPandP值of散点图 VIP top30差异倍数andVIP图
层times聚类热图 环形热图 相关性矩阵热图
差异代谢物circos圈图 KEGG通路富集气泡图 KEGG通路富集条形图
桑基图 Pathway Impact图 DAscore图
SMPDB primary pathway条形图 SMPDB通路气泡图 聚类趋势图
VIPandP值of散点图 QC样本of相关性图 总体样本Hotelling's T2检验图
从下机数据到analyze任何阶段均可process
数据预processQuestion:
缺失值process: 代谢组学数据常包含缺失值, needthrough插值, 删除含have缺失值of样本或特征etc.方法进行process.
数据标准化and归一化: 不同代谢物of浓度范围差异很大, 因此need进行标准化或归一化process, 使得数据more符合Statistical Analysisof假设.
特征选择and降维:
选择显著变化of代谢物: usuallyneedaccording to实验目ofscreen出那些显著变化of代谢物进行进一步analyze.
降维技术: such as主成分analyze (PCA) , 偏most小二乘法 (PLS) etc., 用于减少数据of维度, 便于可视化and解释.
Statistical Analysisand差异detect:
选择合适of统计检验: such ast检验, ANOVAetc., 用于relatively不同组别间代谢物of差异.
多重检验校正: such asusingFDR (False Discovery Rate) etc.方法, 控制假阳性率.
代谢通路analyze:
代谢通路富集analyze: throughrelatively差异代谢物with已知代谢通路of关联, 确定哪些通路in特定条件下被显著影响.
通路拓扑analyze: 考虑代谢物in通路中of位置and关系, 进一步揭示通路of变化机制.
结果解释andvalidate:
结合生物学背景解释: 代谢组学结果needwith生物学知识相结合, 才能得出have意义of结论.
实验validate: 对于关键代谢物或通路, needthrough独立of实验进行validate.
软件工具and数据库选择:
选择合适ofanalyze软件: such asR, Pythonetc.语言中of相关包and工具, 进行Data ProcessingandStatistical Analysis.
utilizing代谢物数据库: such asHMDB, KEGGetc., 查询代谢物of详细信息, 辅助analyze结果解释.
batchestimes效应and其他实验变量:
控制batchestimes效应: 不同batchestimesof实验条件可能导致数据差异, needthrough实验设计或统计方法控制这种效应.
考虑其他实验变量: such as年龄, 性别, 饮食etc., 这些因素都可能影响代谢物of变化, needinanalyze中予以考虑.
代谢组学 (Metabolomics) is一种research生物体内代谢物变化of高通量技术, 其结合生物信息学analyze, can揭示生物体in特定条件下of代谢状态. in进行代谢组学of生物信息学analyze时, 可能会遇到一些常见Question. 以下is一些要点and可能of解决方案:
