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单cell转录组测序(Single Cell RNA Sequencing)isin单cell水平对mRNA进行全转录组扩增及高通量测序of一种高端技术. 它research单pcscell内of整体gene表达情况,as well asgeneof结构变异,mainly用于cell分子机制中cell异质性research,as well as样本量少而无法进行常规高通量测序etc.情境. with传统of转录组测序(RNA-Seq)技术相比,单cell转录组测序技术具have更高of通量and精准度,be able to一times性分离数百至数万pcscell,将分离cell中of微量mRNAefficient扩增后测序. 这种技术be able to精确detect到cell间of转录差异,从而解决cell群间转录组异质性of难题. 单cell转录组测序of核心in于be able to成功区分样品中of不同单cell转录本.
目前国内外mainlyof单cell测序平台have:
1, 10x Genomics Chromium平台:该平台through微流控芯片技术获得单cell反应体系,并in传统文库构建of基础上引入标签,through追溯标签序列将众多mRNA, 表面protein信息定位回原来of单pcscell. 其特点includingcell通量高, 捕获率高, 短时efficient, 双cell发生率低,并且适用性广,可进行单cell转录组, 免疫组, protein组, 表观组多组学research.
2, BD Rhapsody平台:这is另一种单cell测序平台,它允许research者对单pcscell进行gene表达analyze,同时be able todetectprotein.
3, Illumina Bio-Rad Single-Cell Sequencing Solution:这isIlluminaandBio-Rad联合developof单cell测序平台,结合了Illuminaof高通量测序能力andBio-Radof单cellanalyze技术.
4, 百创DG1000:该平台utilizing微流控, 油滴包裹andBarcode标记etc.技术来实现高通量ofcell捕获,canin极短of时间内完成油包水of过程,形成乳浊液,for进行后续实验节省时间. 同时,百创DG1000所用of单cell芯片for百创智造研发of国内首款2*4芯片,可rapid实现1~8pcs样本of单cell测序文库构建. 该平台可in单cell水平揭示全gene组范围内geneof表达with功能异质性, 精准区分cell类型etc..
5, MicroDrop:该平台adopting液滴微流控技术,实现了单cellof自动化, 高通量分离and建库,同时兼容多种单cell测序技术,such as10x GenomicsofChromium, BDofRhapsodyetc..
6, 10K GenomicsofM20平台:该平台adopting微流控技术and独特of液滴生成方式,实现了单cellof精准捕获andefficient建库,适用于多种单cell测序应用.
单cell转录组测序技术对于理解cell分子机制, 疾病发生发展etc.方面具haveimportant意义. 它不仅be able toprovide成千上万pcs单pcscellof转录谱,还能使research人员in单cell水平上了解哪些gene表达,多少数量as well as异质样品中成千上万pcscell之间of差异. 因此,单cell转录组测序技术in医学, 生物学etc.领域具have广阔of应用前景,for examplecan更精准地针对cellorcell亚群进行免疫治疗or靶向治疗,从而in生物体of功能机制of解析and发现更forhave效of疾病治疗方法etc.方面发挥important作用.
应用方向:
1, 肿瘤research 2, 干cellresearch 3, 免疫research 4, 神经科学 5, 疾病机理 6, 衰老发育 7, 植物research 8, 药物research
典型结果展示:
| 单cell测序 | 单cell | 1-2pcs (4μL PBS悬液) | 1) 将cell分选至装have3~5μL PBS缓冲液of200μL PCR管中, cell数目不得超过1000pcs. 不recommend另外加入其他cell保护剂, such ashave特殊情况, 加入其他reagentor经过其他process,请in样品信息单中备注. 2) cell分离完成后, 请于10minutes内放入-80℃冰箱or干冰store. 也可暂存于-20℃, 但store时间不得超过3hours. 3) 每pcscell样品recommend送4管重复, 以保证后续实验成功率. for example: 需测序某一cell样品数for5pcs, 则recommend送样cell样品管数for20. 4) 除providecell样品外, 还need每batchestimesprovide一pcsnegative control, 即inPBS缓冲液中加入0.1~0.5 μLof1% PBS-BSA溶液 (分选cell时, cell所处store溶液) . |
| 微量cell | 2≤cell数目≤1000 (4μL PBS悬液) |
1, for什么要进行单cell转录组测序?
A: 单cell转录组测序be able to揭示cell群体内部of异质性, 即不同cellingene表达水平上of差异. 这对于理解复杂生物过程 (such as发育, 疾病进展etc.) 中ofcell动态变化至关important. through单cell测序, wecan获得单pcscellofgene表达谱, 从而更精确地描述cell状态and功能.
2, 单cell转录组测序能做哪些层面ofdetect?
A: 单cell转录组测序mainly用于detect单pcscell内geneof表达情况. 这includingdetectgeneof表达水平, identifycell类型, 揭示cell分化轨迹etc.. 此外, 还can结合其他组学数据 (such as表观组学, protein组学etc.) 进行综合analyze, 以更全面地了解cell状态and功能.
3, 高通量单cell转录组测序of样本have什么要求?
A: 高通量单cell转录组测序of样本usuallyneed满足以下条件: cell活性高, 数量足够, 形态大小适宜. 此外, 样本中ofcell应尽可能均匀分布, 以减少技术偏差. 对于某些特殊类型ofcell (such as神经celletc.) , 可能need进行cell核提取后进行核转录组detect.
4, 不满足上述cell样本要求, 还能进行scRNA-seq吗?
A: 即使cell样本不满足上述要求, 仍然can尝试进行单cell转录组测序. for example, canthroughcell核提取of方法进行核转录组detect, 尽管这种方法可能无法反映全部cell信息, 但仍然能providehave关cell特征ofhave价值数据.
5, 单cell测序平台have哪些选择?
A: 目前市场上have多种单cell测序平台可供选择, includingChromium平台, Rhapsody平台, Bio-Rad Single-Cell Sequencing Solutionetc.. 此外, 国内have百创DG1000, MicroDropetc.. 选择哪pcs平台取决于实验需求, 预算and实验室条件etc.因素.
6, 单cell测序数据such as何analyze?
A: 单cell测序数据ofanalyzeusuallyincludingQuality Control, 单cellof聚类, cell类型of识别, gene表达量of计算, 差异表达analyzeetc.步骤. needusing专门of生物信息学工具and软件进行Data Processingandanalyze. 此外, 还need结合实验设计and背景知识进行Result Interpretationand讨论.
