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宏转录组 (Metatranscriptome) 测序is指从inRNA水平上, 整体research特定环境, 特定时期ofmicroorganism组生命全部gene组转录情况as well as转录调控规律ofresearch手段, 以mRNAforresearch对象, through反转录forcDNA, 进而构建文库并进行高通量测序. 相较于宏gene组, 宏转录组能从转录水平上research复杂microorganism群落组成及其变化, 揭示microorganismin不同环境压力下of适应机制, 阐明其生物学意义, 探索环境withmicroorganism之间of互作机理.
Experimental Procedure:
analyze流程:
典型analyze结果展示
KEGG代谢通路差异analyze图
Unigene表达量差异analyzeMA图
Unigene表达量差异analyze火山图
| Sample Type | 送样量 | 预processandstore |
| 人and大型动物粪便样品 | ≥200 mg | 1) 准备好便盆and粪便容器, 洗手, 带上手套收集新鲜of粪便样本; 2) in实验室将装好受试者粪便样本, 立即进行分装并标记; 3) 用无菌牙签或粪便取样器截取样品中段里部 (粪便表层含have肠粘膜脱落cell; 外部容易污染, 且接触空气后, 部分bacteria DNA 开始降解) , 取约50~100mg (约花生米大小, 装入2.0mLcentrifuge管不超过1/3体积) 到无菌of2.0mLcentrifuge管中, 每pcs样本取3-5管备copies; 4) 分装好后, 立即液氮速冻或直接放入-80℃低温store, 送样时选择干冰transport寄送. |
| 小型动物 (such as鼠) 颗粒粪便 | ≥200 mg | 动物颗粒粪便样品, 动物排便后立即装入2.0mLcentrifuge管中 (小鼠粪便3粒每管) , 放入-80℃低温store, 送样时选择干冰transport寄送 |
| 肠道内容物 | ≥200 mg | 1)用无菌解剖刀, in无菌状态下取出整pcs肠道, 切取所需肠段of内容物 (条件允许of话, 可in无菌操作台进行) ; 2)用无菌手术刀挖取内容物, 装入无菌2.0mLcentrifuge管中, 每管取约50~100mg (约花生米大小, 装入2.0mLcentrifuge管不超过1/3体积) 到无菌of2.0mLcentrifuge管中, 每pcs样本取3-5管备copies; 3) 分装好后, 立即放入 -80℃低温store, 送样时选择干冰transport寄送. |
| 肠道tissue | ≥200 mg | 1) tissue样本用无菌磷酸盐缓冲液轻轻清洗, 直到没have内容物流出; 2)用无菌of显微镜玻片刮取附着in表面oftissuebacteria, 转移到无菌of2.0centrifuge管中; 3) 立即转入-80℃低温store, 送样时选择干冰transport寄送. |
| 土壤 | ≥1 g | 1) according toresearch目of确定采样范围, 取样器具要事先消毒灭菌process, 开始采样; 2)去除表面浮土, using乙醇火烧of铲子挖取地下5~20cmof土层; 3)去除可见杂质后, 土壤过2mm筛网, recommend每pcs样品从3pcs及以上采样点采集并混合而成, 把土样装入无菌2.0mLcentrifuge管中, 每管取约200mg (约花生米大小, 装入2.0mLcentrifuge管不超过1/3体积) 到无菌of2.0mLcentrifuge管中, 每pcs样本取5管以上备copies; 4) 分装好后, 立即转入-80℃低温store, 送样时选择干冰transport寄送. |
| 水体 | ≥5 L | 1)according toresearch目of确定采样深度and范围; 2)采集好of水样needthrough滤膜进行过滤, canaccording to水样of浑浊程度选择相应孔径of滤膜; 3) 将滤膜转移到2.0mLcentrifuge管中, 立即转移至-80℃低温store, 送样时选择干冰transport寄送. |
宏转录组测序 (Metatranscriptome sequencing) is一种research特定环境或特定时期下microorganism组转录组of高通量测序技术. in实际应用中, research者可能会遇到一些常见of疑问andQuestion, 以下is一些可能of疑问及其Answer
1.宏转录组测序with宏gene组测序have何区别?
宏gene组测序关注ofismicroorganism组中ofgene序列and结构, 而宏转录组测序则关注geneof表达水平, 即哪些genein特定环境下被转录成mRNA. 宏转录组测序be able to直接反映microorganism群落in特定环境下ofgene活动状态.
2.宏转录组测序of样品such as何准备andprocess?
宏转录组测序ofSample Preparationandprocesswith宏gene组测序相似, 但neednoteRNAofstable性and完整性. usuallyneed从环境样品中提取总RNA, 并进行反转录forcDNA, 然后构建文库进行测序.
3.宏转录组测序of数据such as何analyzeand解释?
宏转录组测序数据ofanalyzeincludinggene表达量of计算, 差异表达analyze, 功能注释and代谢通路analyzeetc.. throughwith已知of数据库进行比对and注释, can了解microorganism群落in特定环境下ofgene表达情况and功能特征.
4.宏转录组测序of结果such as何with其他组学数据整合analyze?
宏转录组测序of结果canwith宏gene组测序, 宏protein组测序etc.其他组学数据进行整合analyze, 从而更全面地了解microorganism群落of结构, 功能and互作机制.
5.宏转录组测序in哪些领域have应用价值?
宏转录组测序in环境科学, 生态学, 生物医学etc.领域have广泛of应用价值. for example, in环境科学中, can用于research不同环境条件下ofmicroorganism群落结构and功能; in生物医学中, can用于research肠道microorganism群落with宿主之间of互作关系, 探索肠道microorganism群落对健康and疾病of影响.
6.宏转录组测序of局限性and挑战is什么?
宏转录组测序of局限性and挑战includingRNAofstable性较差, 提取and纯化难度较大, as well as测序数据of复杂性and噪声etc.. 此外, 宏转录组测序of结果可能受到样品采集, processand测序过程中of多种因素of影响, 因此need进行严格of实验设计andQuality Control.
