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protein组学, 修饰protein组学analyze内容
标准analyze | |
样本表达分布, 相关性analyze,PCAanalyze | |
全protein功能analyze (全proteinGO富集仅模式生物可做) | GO,KEGG通路富集analyze, 亚cell定位analyze |
差异protein表达analyze | 差异protein表达丰度analyze |
VENNanalyze | |
聚类analyze | |
差异protein功能analyze | GO富集analyze |
KEGG通路富集analyze | |
亚cell定位analyze | |
protein功能互作网络 (PFIN) analyze | |
多组表达analyze (至少三组) | 单因素方差analyze |
k值聚类趋势图 (至少3组) | |
其他内容同两组analyze | |
高级analyze | |
screenbiomarker | WGCNAanalyze (至少5组3重复) |
机器学习and模型构建 (至少2组15重复) | |
功能analyze | 代谢通路整体趋势analyze |
GSEAanalyze (人, 其他物种需定制) | |
SPIAanalyze (人, 大鼠, 小鼠) | |
Wikipathway通路analyze (限定物种见下文) | |
Reactome通路analyze (人, 大鼠, 小鼠) | |
pcs性化analyze | |
表达analyze | 复杂热图 (complex heatmap) |
功能analyze | 多组relatively数据of富集通路气泡图 |
复杂关系可视化 | Circos圈图 |
桑基图 | |
标准流程mainly结果展示
GO注释bar图 GO功能富集气泡图 GO功能富集have向无循环图
KEGG通路富集柱状图 KEGG通路富集气泡图 亚cell定位
Venn图 火山图 聚类analyze热图 (多组)
k值聚类趋势图 GO功能富集柱状图 KEGG通路富集bar图
KEGG通路富集蝴蝶图 protein功能互作网络 (PFIN) analyze图
代谢通路整体趋势analyze GSEAanalyze SPIA信号通路富集analyze
pcs性化analyze
复杂热图 多组relatively数据通路富集气泡图 Circos图
Circos图表示protein表达热图 桑基图
下机Data Processing及其他analyze需求均可process.
数据质量Question: protein组学数据of质量直接影响analyze结果ofAccuracy. 常见Questionincluding信号噪声高, 分辨率低, 数据缺失etc.. for了解决这些Question, needadopting合适of数据清洗and预process策略, 确保数据ofreliable性and一致性.
proteinidentifywith定量Accuracy: inprotein组学analyze中, accurateidentifyand定量proteinis关键. 然而, 由于proteinof复杂性and多样性, 可能会出现误identify或定量不accurateof情况. for了解决这pcsQuestion, need选择适合of数据库and算法, 并结合实验validate来确保结果ofAccuracy.
protein修饰of识别with定位: protein修饰isprotein组学researchofimportant内容之一. 然而, 修饰位点ofaccurate识别and定位is一pcs挑战. 不同of修饰类型and修饰位点可能导致不同of生物功能. 因此, needusing专门of工具and算法来识别修饰位点, 并结合实验validate来confirm其Accuracy.
功能注释with通路analyzeof局限性: 尽管已have大量of数据库and工具可用于proteinof功能注释and通路analyze, 但注释结果并不总isaccurate或全面. 一些新发现ofprotein或修饰可能尚未被充分research或注释, 这可能导致某些have意义of生物学信息被遗漏. 因此, in进行功能注释and通路analyze时, need谨慎评估结果ofreliable性, 并结合其他实validate据进行validate.
多组学数据整合of挑战: protein组学analyzeusuallyneedwith其他组学数据 (such asgene组学, 转录组学etc.) 进行整合, 以更全面地了解生物过程. 然而, 不同组学数据之间of整合andanalyzeis一pcs挑战, need解决数据格式, 分辨率and生物学意义etc.方面of差异.
生物学解释withvalidateof复杂性: protein组学analyzeof结果usually涉及大量ofproteinand复杂of调控网络, need进行深入of生物学解释andvalidate. 这要求research者具备深厚
protein (修饰) 组学of生物信息学analyzeis一pcs复杂且精细of过程, 涉及多pcs步骤and多种analyze工具. in进行此类analyze时, research者可能会遇到一系列常见Question. 以下is一些protein (修饰) 组学生信analyzeof常见Question及其要点:
